L'Avenir Agricole et Rural 24 février 2011 à 15h06 | Par E. DAUPHIN

Syndicat Montbéliard - La génomique ou l'eldorado de la diversité

Première race mixte du département en effectif, la montbéliarde, présente dans 68 élevages au contrôle laitier, allie performances laitières et rusticité. Le progrès génétique rencontre un nouvel élan avec le développement rapide de la génomique.

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La génomique en pleine évolution


Les grandes races laitières françaises, prim'holstein, montbéliardes et normandes, se sont dotées depuis plus de dix ans de l'outil de Sélection Assistée par Marqueur (SAM) de première, puis de deuxième génération à partir de 2008. Cette approche a été favorisée au niveau national par une organisation professionnelle unique entre l'INRA, la société propriétaire de technologie de lecture des marqueurs et l'UNCEIA, qui regroupe les entreprises de sélections afin de leur fournir un outil de travail commun.Basée sur la connaissance des QTL (Locus à effets Quantitatifs), l'approche SAM est complémentaire à celle adoptée par les pays anglo-saxons et d'Europe du nord, qui sont partis sur la méthode de sélection génomique. Cette dernière s'appuie sur un nombre élevé de marqueurs couvrant l'intégralité du génome. Depuis fin 2009, les deux méthodes tendent à converger vers un seul mode de lecture. Grâce à un meilleur balayage du génome bovin, on peut ainsi expliquer 70% de sa variante génétique.


Gain de temps


Les progrès technologiques en matière de sélection génétique promettent de doubler la progression annuelle en ISU, passant de cinq à 9 points supplémentaires. Ceci est possible grâce au gain de temps spectaculaire induit par la sélection assistée, qui peut être réalisée sur un veau dès l'âge de 3,5 mois, avec un niveau d'information équivalent à celui d'un taureau en testage ayant 40 filles en production.La diminution de l'intervalle entre génération n'est cependant pas neutre et il faut rester vigilant sur les risques de consanguinité, prévient l'intervenant.La technologie rendrait également l'indexation plus fiable, avec plus de 50 % de CD sur index génomique, contre 30 % seulement en indexe sur ascendant.


Objectifs de sélection retenusavec OS Montbéliarde


La génomique permet d'affiner la connaissance de nouveaux caractères :- Critères fonctionnels : NAI, VEL, VIN, VIV, LGF- Critères morphologiques : LP, LB, AJ, GA, LA, FO
Les sept objectifs de sélection retenus en partenariat avec l'OS Montbéliarde au niveau d'Umotest, sont le taux protéique, le niveau de lait, les cellules, la fertilité, la conformation, les mamelles et les aplombs.Les taureaux de la gamme «Profil» proposée par Umotest cumulent trois critères d'excellence parmi les sept retenus, dans lesquels ils sont supérieurs de 0,5 pt à la moyenne, sachant qu'ils ont tous un niveau d'ISU supérieur à 120 et qu'ils sont également améliorateurs en mamelles.Les taureaux de la gamme «Privilège», quant à eux, ont d'abord été sélectionnés par testage puis ont été génotypés pour faire partie de la gamme profil. Au fur et à mesure du temps, leur indice de fiabilité a atteint 95 % de CD.Devrait être ajoutée prochainement le critère de la valeur bouchère, important à prendre en compte dans le cadre d'une race mixte telle que la montbéliarde et de l'indexe de facilité de naissance, afin d'avoir un choix de taureaux à mettre sur génisses. En outre, la gamme «Profil» devrait s'élargir à  quatre critères d'excellence.

Diversité génétique :


L'entreprise de sélection Umotest fait la part belle à la diversité génétique et n'a pas diminué de façon drastique sa population de taureaux testés malgré le développement de la génomique, passant de 130 à 80 specimen en station. Le panel de pères à taureaux est également plus important : auparavant, on dénombrait 15 pères pour 130 taureaux, soit 8,7 fils par père en testage alors que sur la campagne 2009-2010, on est à 19 pères pour 62 taureaux, soit 3,3 fils par père.


Schéma de sélection des mâles


1500 veaux vont être génotypés au cours de la campagne actuelle, contre 350 veaux testés en station auparavant. Seuls 250 candidats issus du génotypage entreront en station. Guillaume Fayolle insiste pour que les veaux bénéficient du protocole de soin avant leur arrivée, afin de ne pas compromettre leur carrière de producteur de semence. Il reçoit encore trop souvent des veaux en mauvais état. En cas d'échec à la sélection, ils seront d'autant mieux valorisés dans des ateliers d'engraissement de taurillons. Tout le monde a à y gagner à bien les démarrer.Parmi les 250 candidats, 80 taureaux génomiques sont sélectionnés chaque année avec un maximum de 2000 doses diffusées par taureau sur l'ensemble des coopératives Umotest sur tout le territoire. Les 2000 doses sont mises sur des vaches référencées au contrôle laitier. Elles vont permettent de suivre les performances de 250 filles en production, indexées sur descendance. Seule une vingtaine de taureaux par an entreront dans la gamme Profil.

Schéma de sélection des femelles


2500 femelles sont génotypées dans le cadre du schéma. Elles sont sélectionnées sur ascendance avec 140 pts d'ISU et 35 pts d'INEL et, pour moitié, en raison de l'originalité de leur pédigrée. Inutile en effet de génotyper une fille de Micmac, par exemple. C'est à l'âge d'un an que la décision est prise, avec une grosse intensité de sélection ; seul le quart supérieur entre chez Umotest. 250 subiront une collecte d'embryons et 700 seront inséminées en tant que génisses à taureaux avec génotypage des veaux à la clé. Bien qu'exclu du schéma de sélection, le quart inférieur bénéficie néanmoins du génotypage, ce qui permet à leur propriétaire d'optimiser leur accouplement.Après une première lactation, 150 auront une transplantation et 400 seront inséminées. En troisième lactation, une centaine de mères au niveau génétique élevé ou au pédigrée original seront maintenues en station.


Perspectives


Indicateur intermédiaire : l'ISU Parentée


Une procédure de calcul est en cours de rodage au sein d'Umotest. Chaque bovin se verra attribuer un bonus/malus en fonction de son degré de consanguinité. Par exemple, une vache à 150 d'ISU mais avec 8 % de parentée aura du malus. Ce système permettra de gérer le renouvellement et d'obtenir un gain pouvant estimé à 50 points d'ISU, selon Guillaume Fayolle. Ce mode de calcul pourrait à terme se voir démocratisé auprès des éleveurs pour les assister dans l'élaboration de leur plan d'accouplement.


Faire génotyper ses génisses


Et si le meilleur sélectionneur, c'était vous ? Le procédé de génotypage vient de tomber dans le domaine public. Ainsi, les éleveurs qui le souhaitent peuvent à présent faire génotyper les génisses qu'ils souhaitent, en marge du schéma de sélection. Une démarche devenue légale mais qui va nécessiter quelques mois de mise en place logistique. L'UNCEIA vient de créer une société «valogène» qui en sera chargée. La prestation devrait s'élever à une centaine d'euros par génotypage, en plus du déplacement du technicien. Vraisemblablement, les inséminateurs devraient à terme être habilités à effectuer les prélèvements. Une démarche qui sera encouragée financièrement par les entreprises de sélection afin d'accroître l'utilisation du génotypage et d'en diminuer le coût.

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